AI 지원사업 선정 기업 세무조사 유예, 누가 빠지고 누가 신청하나

1. 중기부와 국세청은 무엇을 발표했나요?

국세청과 중소벤처기업부는 10월 11일 보도참고자료를 냈습니다. AI 중소·스타트업 2,559개사에 두 기관의 지원을 묶어 주겠다는 내용입니다.

지난해 12월 두 기관이 맺은 업무협약의 후속 조치입니다. 중기부가 선정 기업 명단을 국세청에 넘겼고 국세청은 그 명단으로 세정지원 대상을 확정합니다.

중기부 20개 AI 지원사업에 선정된 2,559개사는 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지 국세청 세정지원을 받습니다.

지원은 네 갈래입니다. 세무검증 최소화, 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 공제·감면 컨설팅 우선 처리, 납부기한 연장 같은 유동성 지원, AI 기업 전용 세무상담입니다.

대표가 가장 먼저 묻는 것은 세무조사입니다. 그런데 같은 선정 기업이라도 창업 연수에 따라 받는 혜택과 해야 할 일이 다릅니다.

2. 우리 회사가 20개 사업 선정 기업인지 어떻게 확인하나요?

보도자료 참고1에 사업명이 모두 나와 있습니다. 운영기관은 대부분 중소기업기술정보진흥원과 창업진흥원이고 기술보증기금·중소기업중앙회·벤처기업협회 사업이 일부 섞여 있습니다.

기술개발 쪽은 창업성장기술개발사업(TIPS), 투·융자연계기술개발, 중소기업기술혁신개발(도메인특화AI모델개발·AI기반후보물질탐색), 중소제조특화 MultiAIAgent개발입니다.

사업화·제조 쪽은 AI 응용제품 신속 상용화 지원사업, 중소기업 스마트서비스지원, 자율형공장(AI트랙), 대중소상생형(AI트랙)입니다.

창업 쪽은 초기창업패키지·창업도약패키지(딥테크 특화형), 창업성공패키지(딥테크·글로벌심화), 초격차 스타트업 프로젝트, 글로벌기업 협업프로그램, 민관협력 오픈이노베이션, 유니콘 브릿지, 투자연계형 글로벌 액셀러레이팅입니다.

여기에 기술보증 AI·AX 우대보증과 명문장수기업 확인제도를 더해 20개입니다. 보도자료는 두 기관이 협의해 대상 사업을 늘릴 수 있다고 덧붙였습니다.

명단은 중기부가 올해 이 사업들로 지원한 기업입니다. 그래서 확인은 사업명보다 서류로 합니다. 전담기관과 맺은 협약서, 선정 통지 공문, 보증서를 한곳에 모아 두면 세무서 창구에서 선정 사실을 바로 보여 줄 수 있습니다.

3. 창업 5년 이내 기업과 그 밖의 기업은 무엇이 다른가요?

창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외됩니다. 보도자료는 이 부분에 신청 요건을 붙이지 않았습니다. 국세청이 넘겨받은 명단으로 대상을 확정하는 구조입니다.

창업 5년이 지난 AI 중소기업은 납세자가 신청해야 합니다. 신청하면 세무조사 착수 예정일부터 2년간 정기 조사가 미뤄지고 지방 소재 기업은 3년입니다.

실무에서 먼저 막히는 곳은 날짜입니다. 보도자료는 창업 5년을 법인 설립등기일로 셀지 사업자등록일로 셀지 적지 않았습니다. 지방 소재를 본점 기준으로 볼지도 정하지 않았습니다.

법인 설립등기는 2021년 봄에 했고 사업자등록은 그해 가을에 한 회사를 생각해 봅니다. 어느 날짜로 세느냐에 따라 「자동 제외」와 「신청 유예」가 갈립니다.

이런 회사는 전국 세무서 법인세과의 AI 기업 전용 상담창구에서 기준일부터 묻는 편이 빠릅니다. 홈택스 전용 상담 서비스로도 같은 질문을 할 수 있습니다.

4. 정기 세무조사에서 빠지면 조사를 아예 안 받나요?

그렇지 않습니다. 이번 지원이 빼 주는 것은 국세기본법이 말하는 「정기선정」 조사입니다. 국세기본법 제81조의6 제2항은 성실도 분석상 불성실 혐의, 4과세기간 이상 같은 세목 미조사, 무작위 표본조사를 정기선정으로 묶습니다.

같은 조 제3항은 정기선정과 별도로 조사할 수 있는 경우를 둡니다. 신고나 세금계산서 발급 같은 납세협력의무를 지키지 않은 경우, 거래 내용이 사실과 다른 혐의, 구체적인 탈세 제보, 탈루를 인정할 명백한 자료가 있는 경우 등입니다.

신고내용 확인 제외에도 조건이 붙습니다. 신고내용 확인은 법인세 신고 뒤 불성실 혐의 법인의 신고를 서면으로 검증하는 절차이고 명백한 탈루 혐의가 없을 때만 대상에서 빠집니다.

그러니 제외·유예 기간에는 세금계산서와 지출 증빙을 제때 맞춰 둡니다. 연구원 인건비나 GPU 임차료처럼 금액이 크고 세액공제와 맞물리는 지출은 계약서와 함께 보관합니다.

세무조사가 실제로 잡히면 조사 시작 20일 전에 사전통지가 옵니다(제81조의7 제1항). 유예를 신청하지 않은 채 통지서를 받았다면, 그날 바로 전용 창구에 적용 여부를 묻습니다.

5. 세무조사 말고 어떤 지원을 받을 수 있나요?

연구·인력개발비 세액공제(조세특례제한법 제10조) 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅을 우선 처리합니다. 사전심사는 신고 전에 공제 대상인지 국세청 판단을 미리 받는 절차입니다.

유동성 지원은 납부기한 연장, 납세담보 면제, 압류·매각 유예, 경정청구 우선 처리, 법인세·부가가치세 환급금 조기 지급입니다.

납부기한 연장 절차는 국세징수법 제13조에 있습니다. 사업에 현저한 손실이 났거나 부도·도산 우려가 있으면 관할 세무서장에게 신청합니다. 만료일 10일 전까지 냈는데 10일 안에 답이 없으면 승인된 것으로 봅니다.

경정청구 우선 처리는 지난 신고에서 세액공제를 빠뜨린 회사에 실익이 큽니다. 신고한 세액공제액이 세법상 받을 수 있는 금액보다 적으면, 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2).

세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 초기에 연구원 인건비를 공제 없이 신고했다면, 이번 우선 처리 기간에 지난 사업연도를 다시 짚어 볼 만합니다.

아래 표는 회사 상황별로 받는 것과 회사가 할 일을 나눈 것입니다.

6. 지금 무엇부터 준비하면 되나요?

선정 서류, 창업 기준일, 본점 소재지 세 가지를 한 장에 정리합니다. 이 셋이 자동 제외인지 신청 유예인지, 지방 3년이 적용되는지를 가릅니다.

창업 5년이 지난 회사는 유예 신청을 미루지 않습니다. 기장을 맡긴 세무대리인이 있다면 보도자료 참고2를 함께 보며 신청 시점을 정합니다. 없다면 관할 세무서 전용 창구에 직접 묻습니다.

이번 20개 사업에 들지 못한 회사에도 길이 있습니다. 법인 수입금액이 3억원 이하이고 복식부기 장부, 전자세금계산서 발급 같은 요건을 갖춘 소규모 성실사업자는 정기 조사를 받지 않을 수 있습니다(제81조의6 제5항, 시행령 제63조의5).

지원사업 공고를 준비하고 있다면 마감이 다가오는 공고는 서류닷컴 정부지원사업 모아보기에서 확인합니다. 기관별 공고 구분은 기관별 공고 읽기 체크표, 같은 비용을 두 사업에 넣지 않는 기준은 중복수혜 대조표에 정리해 두었습니다.

다른 정부지원 글은 정부지원·조달·인증 주제 모음에 있습니다. 이미 선정된 회사라면 오늘은 협약서와 법인 등기사항증명서를 꺼내 설립일과 본점 주소부터 확인합니다.

기준·최종 확인: 2026. 10. 12. 국세청·중소벤처기업부 보도참고자료(2026. 10. 11.) 원문 PDF의 참고1·참고2, 국세기본법 제45조의2·제81조의6·제81조의7, 같은 법 시행령 제63조의5, 국세징수법 제13조, 조세특례제한법 제10조를 국가법령정보센터 원문으로 대조했습니다.

자주 묻는 질문

중기부 지원사업에 선정됐는데 세무조사 제외를 따로 신청해야 하나요?

창업 5년 이내 AI 스타트업의 정기 세무조사 선정 제외에는 보도자료상 신청 요건이 없습니다. 창업 5년이 지난 AI 중소기업의 정기 조사 유예는 납세자가 신청해야 적용됩니다.

세무조사 유예 기간은 언제부터 세나요?

국세청 세정지원 방안은 세무조사 착수 예정일부터 2년, 지방 소재 기업은 3년간 유예한다고 정했습니다. 세정지원 자체는 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지 운영됩니다.

정기 세무조사에서 제외되면 탈세 제보가 들어와도 조사를 안 받나요?

받을 수 있습니다. 국세기본법 제81조의6 제3항은 구체적인 탈세 제보나 탈루를 인정할 명백한 자료가 있으면 정기선정과 별개로 세무조사를 할 수 있게 합니다.